知识产权代理公司对侵权保护能以自身名义起诉侵权人吗
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不能；
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告必须是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织。我国《著作权法》第八条规定，著作权人和与著作权有关的权利人可以授权著作权集体管理组织行使著作权或者与著作权有关的权利。著作权集体管理组织被授权后，可以以自己的名义为著作权人和与著作权有关的权利人主张权利，并可以作为当事人进行涉及著作权或者与著作权有关的权利的诉讼、仲裁活动。
《最高人民法院关于全国部分法院知识产权审判工作座谈会纪要》也指出，知识产权民事纠纷案件的起诉人，可以是合同当事人、权利人和利害关系人。利害关系人包括独占、排他许可合同的被许可人、依照法律规定已经继承或正在发生继承的知识产权中财产权利的继承人。而根据国外某软件公司与某知识产权代理公司签订的授权委托书，该公司只是取得了进行法律陈述、调查取证、进行谈判、和解，提起民事诉讼等程序性权利，其并未取得独占、排他许可等实体性权利，故某知识产权代理公司与案件不具有直接利害关系，其原告诉讼主体身份不适格。
三、侵权的条款有哪些
知识产权侵权行为的构成，是学者们争议比较多的问题。有学者从一般民事侵权行为构成的四个方面，阐述了知识产权侵权行为的构成：
1.关于违法性问题。这是知识产权侵权行为一个重要的构成要件，虽然在学术界不少学者在研究违法性是否应独立地成为侵权的构成要件，但至少在知识产权侵权领域，违法性这个要件是必不可少的。
2.关于损害事实(结果)问题。在一般民事侵权理论侵权的构成中，无论是三要件说、四要件说还是五要件说，都认为损害事实是民事侵权的构成要件之一，但是已经有不少学者提出，在知识产权侵权构成中，损害事实(结果)已经不再是必需的构成要件，这也是知识产权侵权行为与一般民事侵权行为的不同点之一。
3.关于因果关系。这是一般民事侵权理论中，民事侵权行为的必备要件，但由于有些侵犯知识产权的行为并不要求有损害后果，因此只有对造成损害后果的知识产权侵权行为，需要确定侵权人所应承担的责任大小时，因果关系的认定才有意义。
4.关于主观要件。上文阐述的民事侵权理论中，构成一般侵权行为的要件之一是加害人主观上具有过错，但是，在知识产权侵权行为的构成并不是以主观过错为必备要件。我国的专利法第63条第2款、商标法第56条第3款均确立了无过错的侵权责任。从以上的立法例中可以看出，即使行为人是无过错的，也应承担侵权责任，只不过其承担的侵权责任要比有过错的轻，有过错的行为人除承担停止侵权、销毁侵权产品、消除影响等的侵权责任外往往还要承担损害赔偿责任。
综合上面所说的，对地知识产权代理公司如果发现了侵权他人的作品，那么在进行处理的时候一般也必须要由作品拥有者才能进行起诉成为原告，而对于其它人都是不行的，同时对于侵权者如果条件一旦构成必定就会承担起赔偿的责任。